政府放寬美國牛肉進口勢在必行，專家建議，國人若吃帶骨牛肉，最好不要啃骨頭，也呼籲海關應解凍查驗進口牛肉是否含神經細胞、大腸桿菌及荷爾蒙，相關廚餘最好焚化。不過，專家仍憂心基於狂牛症的變性蛋白普立昂蛋白難以撲滅，患者無法醫治，恐在生物鏈中造成可怕的污染，乃至進入水中對環境生態嚴重衝擊。
行政院農委會家畜衛生試驗所所長黃金城表示，狂牛症1986年發生，英國有人把死於搔癢症的羊屍做成飼料給牛吃，因而爆發狂牛病，當時牛隻死亡75萬頭，到1995、1996年發生人類得狂牛症，並經病理檢驗確認死於狂牛症者計168人。
黃金城指出，狂牛症的普立昂蛋白，曾在貓、貂、鹿、老鼠等動物及人類身上發現，至今雖未在豬隻身上發現，但不能保證一定不會發生。
農委會家衛所前所長劉培伯也表示，英國已有實驗證實，將普立昂蛋白拿來餵豬，至今雖未發現豬隻發病，但若注射到豬體內，已證實會發生「狂豬病」。即使豬隻吃了普立昂蛋白未發病，也只能說是「還沒發生」，不能保證永遠不會發生。
林口長庚醫院臨床毒物科主任林杰樑呼籲國人，若要吃帶骨美國牛肉，最好不要啃骨頭，他並建議政府早已禁止從疫區國家進口肉骨粉餵牛等動物，人類所用的產品若含有疫區牛材料，也應立法嚴禁，包括膠原蛋白、植牙骨粉、骨科手術所用骨粉、疫苗、血清蛋白等，以確保病人健康權益。其次，立法規範美國牛肉食材產生的廚餘應分類處理，並使用與焚化爐同等級的攝氏上千度高溫焚化，或者比照醫學消毒標準的高溫高壓處理，盡量防止任何可能發生的污染擴大。
劉培伯主張進口牛肉應在海關解凍逐一進行 3項檢驗，萬一真有不合格，就可以據理力爭，阻絕進口。首先應檢驗進口牛肉是否含中樞神經細胞，若有，就表示含有腦脊髓；這方面的檢驗，歐洲已有檢驗套組可用。再者，檢驗大腸桿菌，日前美國發生牛絞肉含大腸桿菌致死案，就是含有讓人中毒的血清型大腸桿菌，這種血清型大腸桿菌在台灣牛隻身上沒有發生過，應該隔絕於國境外。第三，應比照歐盟規定，檢驗美國牛肉是否殘存荷爾蒙；因為美國小牛屠宰前都被施打數次荷爾蒙，有可能會影響孩童健康。
消基會等團體批評，政府把關機制疑慮重重之下，僅靠業者自律不進口，根本無法確保台灣人民健康及環境乾淨，他們反對以經濟發展之名，將人民的生命健康與環境永續當談判籌碼，因此發起公投連署，要求台美重啟談判。這項公投連署展開後4日即收到的連署書約5000份，距離 9萬份目標甚遠。
劉培伯與林杰樑都質疑，狂牛症發生於歐美強權國家，無法醫治且會致死，人類對致病的普立昂蛋白至今仍無法充分理解，OIE 將疫情分為 3級：風險可忽略（如紐、澳、新加坡等無案例國家）、風險可控制及風險未知。「何以沒有人及牛病例的台灣，被放在跟有人、牛案例的美國與加拿大同一級？無疑是強權欺小國。」
林杰樑批評，狂牛症疫情的分級，讓歐美疫區的牛隻產品在歸為「風險可控制」下繼續外銷，這種機制顯然不公平，他呼籲國人透過市場機制的力量發聲，只要消費者拒吃，就沒市場，就不會再進口來台，國人盡量改吃國產牛肉。
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